80’lerden itibaren yayımlamaya başladığı ilk yazıları, kendisinin Mantık, Dilbilim, Yorumbilim (Hermeneutik) gibi disiplinler aracılığıyla kavramaya çalıştığı geleneksel bilimler ve bu bilimlerin modern eleştirileri üzerinedir; yakın tarih bağlamında din-bilim, din-siyaset ilişkilerini ele alan incelemelerinin yanısıra monografiler yayımlamış; uzun yıllar içerisinde farklı alanlarda kaleme aldığı felsefe denemelerinin bir kısmını ayrıca kitaplaştırarak neşretmiştir. On üç yıl boyunca sürdürdüğü köşeyazarlığını 2011’de sonlandırdıktan sonra, Cündioğlu, bugüne değin tüm zamanını sadece sanat ve felsefe çalışmalarına hasretmiştir.